En 1533, Pizarro et son armée entrent dans Cuzco, la capitale sacrée des Incas.
La ville est mise à sac, le temple du soleil est entièrement détruit pour son or et les tombes des souverains Incas sont profanées.
Enfin de doter ces nouvelles conquêtes d'une capitale, Pizarro fonde la ville de Lima en 1535 à qui il donne le nom de "Ciudad de los Reyes", la ville des rois.

Pendant les années qui suivirent, des rivalités éclatèrent entre les conquistadores se disputant le butin et les villes conquises. Hernando, un des frères de Pizarro combattit contre les troupes de Diego de Almagro et le fît mettre à mort.
Le 26 juin 1541, les partisans d'Almagro assassinèrent Francisco Pizarro en représailles.

Ainsi s'achevait dans le sang cette épopée brutale qui donnait à l'Espagne un immense empire en Amérique du Sud.

La guerre, les maladies apportées d’Europe et les travaux forcés imposés par les Espagnols décimèrent la plupart des Incas en moins de 200 ans.