Avant de reprendre leur route, les croisés se reposent à Antioche. Mais une épidémie se déclare dans la ville et fait des milliers de morts, dont l'évêque Adhémar de Monteil.
Durant l'automne, les croisés s'emparent de plusieurs forteresses aux alentours dont Chastel-Rouge, Albara et Maarrat an Numan. Les habitants sont massacrés ou vendus comme esclaves.

On dit que c'est pendant cette période que des croisés, mourant de faim, mangèrent des cadavres de Musulmans.
Vers Noël 1098, malgré des querelles entre les chefs de l'expédition, l'armée se remet en marche avec à sa tête Raymond de Toulouse.